Situados en la Plaza de San Juan se alza la Iglesia del mismo nombre, templo construido hacía finales del S.XVI y principios del S.XVII, por la Orden Sanjuanista, hermoso edificio que es síntesis ecléctica de estilos.

En su fachada destacan la labor de las puertas, sobre todo la del sur, renacentista. Cuenta con una torre-campanario del S.XVI de claro aire mudéjar, rematada en sus dos últimos pisos por una composición de fábrica de ladrillos.

De nave basilical, apoya sus nervaduras sobre recio arco del gótico tardío y se sujeta en pilastras en cuatro tramos. El presbiterio está cubierto por una bóveda de crucería con diseño floral de gusto gótico, cuyo centro alberga la cruz de la Orden de San Juan y un espectacular retablo barroco.

Podemos imaginarnos que el interior del templo estuviera pintado al fresco y entre sus valores artísticos, destacan la talla de San Juan Bautista y el cuadro de la Presentación de los Reyes Magos, en el altar mayor y la imagen de la Virgen de Finibusterre, en un retablo exclusivo. Desde su decisión de permanecer para siempre en el lugar, fue colocada sobre peana de plata labrada, convirtiéndose en la Patrona de la villa.

La devoción a la Virgen de Finibusterre es especial, solo se tiene noticias de dos lugares donde era venerada, en Los Yébenes y en Cabezarados (Ciudad Real), por tanto podemos suponer que los mozárabes que se establecieron en estos territorios, provenían de la misma región del noroeste de la Península, situada al límite o fin de la tierra de cristianos, como indica el significado del propio nombre de la Virgen.

En Las relaciones de Felipe II, la veneración de la Virgen en Urda, deja de tener presencia y pasa a nuestro territorio y es en el Castillo de las Guadalerzas, cuando su imagen se convierte en símbolo de tradición cristiana de nuestra villa, para establecerse después como Patrona desde el momento de la unificación de los dos pueblos, hacia el año de 1835, cuando Yébenes de San Juan aporta como Patrona, a la Virgen de Finibusterre y Los Yébenes de Toledo tributa su devoción a San Blas.