El medio natural en el que se asientan Los Yébenes es, sin duda alguna, uno de los rasgos de su mayor atractivo. Se ubica en la ladera sur del extremo oriental de los Montes de Toledo.
Los Montes de Toledo forman una serranía de unos cien kilómetros de longitud, que divide a la submeseta meridional en dos partes, la norte con la fosa del Tajo y la sur regada por el Guadiana. De norte a sur se suceden las alineaciones montañosas de Los Yébenes y la sierra de Manzaneque; las sierras de las Guadalerzas, el Rebollarejo, Fuenteblanca, el Comendador y la Alberquilla; y las sierras de Pocito y de la Calderina.
Los Yébenes, con una altitud de 808 metros sobre el nivel del mar, muestra una diferente morfología del terreno, más cerca, el lugar de Toledo, cerrado por los montes escabrosos hasta el camino real y más lejano, el territorio se abre hacia la llanura, dominado por los sanjuanistas.
La abundancia de aguas y su calidad han sido igualmente objeto de estudio. Tiene muchas aguas delgadas y ricas, como de salobres y recias. Existen numerosas fuentes que abastecen las necesidades de la población.
Olivo, vid y almendro. Este es el paisaje que define a nuestro municipio, para los visitantes. Pero la gran extensión de su término municipal, ocupando el trigésimo primero más grande de España, le otorga para acoger en sus extensos parajes naturales, una gran diversidad de especies mediterráneas.
El bosque de encinas, robles y alcornoques son las especies predominantes, junto con arbustos como la jara, acompañada del tomillo, romero, cantueso, chaparro, lentisco, quejigo, madroño, coscoja, enebro y retama, que han contribuido a que la apicultura y la cinegética sean actividades relevantes.
Desde las crestas de cuarcita y de pizarra, de la era paleozoica, que se encuentran en nuestra sierra yebenosa, contemplamos un paraje espectacular que nos recuerda a la sabana africana, la raña. Como extensa planicie, natural de los Montes de Toledo, se encuentra guarnecida de materiales procedentes del Terciario y del Cuaternario, y domina una especie natural, la encina, el Quercus rotundifolia, árbol mediterráneo por excelencia. Con su admirable figura, es el árbol que se encuentra adehesado y también toma la forma arbustiva, constituyendo matorrales intransitables en laderas y colinas soleadas, con el nombre de carrasca. Se acompañan de otras especies como el acebuche, el piruétano, el enebro, el quejigo, el brezo o la retama.
Y debajo de estos árboles y arbustos habita una variedad de pequeñas plantas, probablemente contamos con la mayor diversidad vegetal de toda Europa. La sierra del Fontejón, que separa los términos de Los Yébenes y Manzaneque, está poblada de coscoja, romero, enebro y retama. En las dehesa de Guadalerzas y Fuente del Emperador prolifera el monte alto y pardo de encinas, robles, jaranas, retamas y otras especies.
La riqueza, en cuanto a fauna se refiere, es la clave del atractivo de nuestros montes. Es muy importante su abundancia y diversidad desde el punto de vista cinegético, pero no menos desde el punto de vista científico-cultural.
Las especies más destacadas son el ciervo común, llamado el príncipe del bosque mediterráneo y el jabalí, otros como el conejo y la liebre común y la existencia de pequeños predadores, como la gineta, el zorro común o el gato montés hacen más diversa nuestra fauna.
Entre las aves, variada y diversa, encontramos a los jilgueros, mosquiteros, tarabillas y verderones, mirlos y estorninos, vencejos y golondrinas, cigüeñas, carboneros, herrerillos, lavanderas y gorriones, perdices y palomas. Y entre las aves predadoras o rapaces, el águila real, el imperial, el buitre negro, leonado, los cernícalos, el azor y el milano son algunas de las rapiñas que podemos divisar.
Los reptiles y anfibios conviven en nuestro entorno y cumplen un gran papel en el delicado equilibrio ecológico de este ecosistema. Gracias a unas especiales condiciones climáticas, en nuestros montes mediterráneos gozamos de su presencia, o no tanto. Y nos podemos encontrar con la culebra bastarda, la de herradura, la de collar y la viperina o la víbora hocicuda, muy comunes en estos lugares y los lagartos ocelados de casi un metro de longitud e inconfundible con sus manchas azules en los costados o la lagartija serrana, viven en los riscos más inaccesibles de nuestros cerros.
Por último, allá donde exista cierta humedad, en arroyos o charcas, las ranas verdes y pardas viven a sus anchas en el agua y el enorme sapo común abunda, junto con el sapo corredor.
Por todas estas razones, hacen ser considerado a Los Yébenes como un lugar Cercano por Naturaleza.